冻干机箱内真空度高低的设定，可依据冻干样品的冰块厚度进行。因为，如果冻干箱内真空度较高，虽然可以促进升华的进行，但对一些冰块较厚的冻干样品来说，则需向冻干箱内填充气体，破坏其真空，形成对流导热来向制品供热。否则，由于供热不足，升华减缓，通过搁板接触传导的热量相对过剩，进而产生冻干样品崩解或沸腾的现象，影响冻干样品的外观质量。

而对于冰块厚度较小的冻干样品，由于所需热量相对较少，可以不依赖于对流传热，因而其真空度可高一些，以获得较快的升华速度，并且对样品外观无较大影响。

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